वायु आपूर्ति प्रणाली का मुख्य उद्देश्य ईंधन सेल में प्रवेश करने वाली हवा को फ़िल्टर, दबाव और आर्द्र करना है, ताकि यह सुनिश्चित किया जा सके कि ईंधन सेल स्टैक के कैथोड पक्ष पर तापमान, दबाव, आर्द्रता और प्रवाह दर सुनिश्चित हो सके। अपेक्षाकृत आरामदायक सीमा के भीतर हैं।
वायु आपूर्ति प्रणाली मुख्य रूप से एक एयर फिल्टर, एक एयर कंप्रेसर, एक इंटरकूलर, एक ह्यूमिडिफायर और एक इलेक्ट्रॉनिक थ्रॉटल वाल्व से बनी होती है।
एयर फिल्टर का कार्य हवा में अशुद्धियों और धूल को छानना और ईंधन सेल के कैथोड को शुद्ध हवा की आपूर्ति करना है।