आज हरित हाइड्रोजन के उत्पादन की लागत अधिक बनी हुई है। पिछले साल प्रकाशित एक रिपोर्ट (2018 डेटा का उपयोग करके) में, अंतर्राष्ट्रीय ऊर्जा एजेंसी ने हरे हाइड्रोजन की लागत $ 3 से $ 7.5 प्रति किलोग्राम रखी, जबकि भाप मीथेन के साथ हाइड्रोजन उत्पादन की लागत $ 0.90 से $ 3.20 प्रति किलोग्राम थी। किलो हरे हाइड्रोजन की कीमत कम करने के लिए इलेक्ट्रोलाइज़र की लागत कम करना महत्वपूर्ण है, लेकिन इसमें समय और पैमाना लगेगा। अंतर्राष्ट्रीय ऊर्जा एजेंसी ने पिछले साल कहा था कि इलेक्ट्रोलाइज़र की लागत आज की क्षमता के लगभग 840 डॉलर प्रति किलोवाट से 2040 तक आधी हो सकती है। हरे हाइड्रोजन के लिए व्यावसायिक मामले में बहुत सस्ती नवीकरणीय बिजली की आवश्यकता होती है, क्योंकि इलेक्ट्रोलिसिस प्रक्रिया का एक महत्वपूर्ण हिस्सा खो जाता है। शैल के अनुसार इलेक्ट्रोलाइज़र 60 प्रतिशत से 80 प्रतिशत कुशल हैं।
कई अनुप्रयोगों को ईंधन कोशिकाओं को बिजली देने के लिए हरे हाइड्रोजन की आवश्यकता हो सकती है, जिससे और नुकसान हो सकता है जो दक्षता चुनौती को और भी गंभीर बना देता है। कुछ पर्यवेक्षकों का अनुमान है कि हरे हाइड्रोजन उत्पादन यूरोप के अपतटीय पवन खेतों जैसे बड़े उत्पादन केंद्रों में अतिरिक्त नवीकरणीय ऊर्जा क्षमता को अवशोषित कर सकता है। हालांकि, यह देखते हुए कि इलेक्ट्रोलाइज़र की लागत अधिक बनी हुई है, यह संदिग्ध है कि क्या हरित हाइड्रोजन परियोजनाओं के डेवलपर्स अपने इलेक्ट्रोलाइज़र को तब तक निष्क्रिय रहने के लिए तैयार होंगे जब तक कि अक्षय ऊर्जा की कीमतें एक निश्चित स्तर तक गिर न जाएं। अधिक संभावना है, जैसा कि बीपी और शेल पहले से ही विचार कर रहे हैं, डेवलपर्स संसाधन-समृद्ध क्षेत्रों में हरे हाइड्रोजन उत्पादन संयंत्रों का निर्माण करेंगे और उन्हें समर्पित अक्षय ऊर्जा उत्पादन परिसंपत्तियों के साथ तैयार करेंगे।
